Taman Nasional Kelimutu bervisi menjadi kawasan konservasi unggulan yang menjaga keanekaragaman hayati dan budaya masyarakat Lio sebagai warisan alam dan budaya. Visi ini menekankan perlindungan habitat Danau Tiga Warna, flora fauna endemik Flores serta kehidupan sosial budaya lokal agar tetap lestari. Dengan visi tersebut TN Kelimutu ingin menjadi model konservasi berkelanjutan yang melibatkan ilmuwan, pemerintah daerah dan masyarakat adat secara harmonis.

Visi itu juga tercermin dalam komitmen terhadap mitigasi risiko geologi dan perubahan iklim agar panorama danau dan ekosistem tinggi tetap aman dan terawat. TN Kelimutu bertujuan menciptakan kesadaran publik luas sehingga pengunjung turut menjaga kebersihan, ketertiban dan respek terhadap alam serta budaya. Secara keseluruhan, visi mendasari semua kebijakan, pelaksanaan dan inovasi program konservasi dengan fondasi partisipatif dan responsif terhadap ancaman.